Durante estos 20 años el CIISSS ha ejecutado más de una centena de proyectos, con financiamiento de fuentes diversas, incluyendo el NIH de los EEUU, IDRC (Canadá), la Fundación Ford, HIVOS (Países Bajos), USAID, el Wellcome Trust (Reino Unido), el Fondo Mundial, entre otros.; en colaboración con sus partners ha publicado más de 120 artículos en revistas revisadas por pares; ha publicado más de 30 libros y 19 capítulos de libros, y tiene vínculos con investigadores en un amplio número de universidades en EE.UU. (UCLA, UCSF, UCLA, UCI, Columbia, JHU, Harvard), el Reino Unido (UCL, LSHTM, ICL, Goldsmiths, Sussex, Institute of Education), Francia (Université de Paris-Diderot, Institute Pasteur), Canada (Toronto, Laurier), Australia (UNSW, La Trobe), México (UNAM, El Colegio de México), Brasil (USP, UERJ, UFRJ), Argentina (UBA), y Sudáfrica (Kua-Zulu Natal, University of the Witwatersrand, University of Cape Town), además de núcleos profesionales importantes en organizaciones internacionales (OMS, OPS, ONUSIDA, UNFPA, PNUD, UNESCO, UNICEF, IAS, GFATM). Junto con el IESSDEH, institución de la sociedad civil, alojó el Secretariado de la Asociación Internacional para el Estudio de la Sexualidad, la Cultura y la Sociedad (IASSCS). Su Director es miembro de los Comités de Asesoría Técnica en VIH de la OMS y la OPS, del Grupo de Trabajo en Salud Sexual de la OMS, del Grupo de Trabajo en Poblaciones Clave de la International AIDS Society, y del Panel Revisor Técnico del Fondo Mundial contra el Sida, la Tuberculosis y la Malaria. Dentro del Perú, tenemos un trabajo cercano con los sectores del Estado (MINSA e INS en salud, MINEDU, Defensoría del Pueblo, MIMP, MINJUS), agencias cooperantes (ONUSIDA, OPS, UNFPA, NAMRU), sociedad civil (Aid for AIDS, INMENSA, PROMSEX, Flora Tristán, Manuela Ramos, SPAJ) y organizaciones comunitarias (Peruanos Positivos, Red TLGB, Red Trans, Movimiento Miluska Vida y Dignidad)

Varios de los proyectos que se realizan son componentes de proyectos internacionales, o son proyectos desarrollados fuera del Perú o sobre un ámbito global. Por ejemplo,  investigaciones en el ámbito de América Latina (como región o en países específicos, con auspicio de OPS, UNESCO, PNUD y USAID), en los países del medio oriente y norte de África (con auspcio de ONUSIDA), colaboraciones en Sudáfrica (con la Universidad de Kwa-Zulu Natal y IDRC), y revisiones sistemáticas de alcance global con la OMS. Actualmente coordinamos NEMUS, la Red de Estudios Multidisciplinarios en Prevención de VIH con base en Antiretrovirales, iniciativa apoyada por la OMS. Por invitación de la OMS la USSDH (y ahora el CIISSS) se constituyó como Centro Colaborador en VIH y Salud Sexual, y en los últimos años la unidad (o su director) han desarrollado encargos para el ámbito global (coordinados desde Ginebra por OMS y ONUSIDA) que son normalmente desarrollados por expertos del campo (e.g. revisiones sistemáticas, sistematizaciones de reuniones, coordinación de procesos de desarrollo de lineamientos, edición de documentos oficiales, documentos estratégicos). Igualmente el CIISSS ha realizado colaboraciones similares con OPS, PNUD y UNESCO.